Trên lý thuyết, thuế GTGT mang tinh khoa học rât cao, có khả năng tạo được công bằng trong việc tính thuế, thúc đẩy các danh nghiệp cải tiến quản lí tăng năng suất lao động, hạ giá thành để cạnh tranh thuận lợi ở trong và ngoài nước. Điểm nổi bật của thuế GTGT là khắc phục được nhược điểm thu trùng lắp, chồng chéo qua nhiều khâu của thuế doanh thu. Từ lâu sự chồng chéo này của thuế doanh thu đã gây nhiều kêu ca, phàn nàn của hầu hết cơ sở kinh doanh và người tiêu dùng vì nó ảnh hưởng tiêu cực đến giá cả hàng hoá. Thuế doanh thu tính trên toàn bộ giá bán qua từng khâu có nghĩa là trong trường hợp mua cao, bán hạ doanh nghiệp vẫn phải nộp thuế doanh thu. Ngược lại thuế GTGT chỉ thu trên giá trị tăng thêm mà doanh nghiệp tạo ra, thậm chí doanh nghiệp còn được hoàn thuế khi thuế đầu vào cao hơn thuế đầu ra. Hơn nữa, thuế GTGT còn có tác dụng thúc đẩy xuất khẩu, khuyến khích sản xuất, chống thất thu có hiệu quả, bảo đảm nguồn thu cho ngân sách nhà nước.