Xu thế thời đại của hoạt động thanh toán là chứng từ giấy đang được thay thế dần bằng chứng từ điện tử và chuyển dịch giao dịch vốn tăng nhanh do tác động của toàn cầu hóa. NHNN đã thiết lập hệ thống thanh toán điện tử liên NH (IBPS) kết nối với 429 đơn vị thành viên, trong đó có 66 đơn vị trực thuộc NHNN; đã xử lý gần 48 triệu giao dịch với giá trị giao dịch đạt 46,57 triệu tỷ đồng, tương đương gần 12 lần GDP (2014). Hệ thống thanh toán nội bộ của các NHTM đã có sự phát triển vượt bậc. Hầu hết các NHTM đã thiết lập được hệ thống ngân hàng lõi (Core Banking), phát triển hệ thống thanh toán nội bộ với kỹ thuật, công nghệ tiên tiến.

Hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho thanh toán thẻ được các NHTM chú trọng nâng cấp, đầu tư. Tính đến cuối tháng 12 năm 2016, cả nước hiện có 17.472 ATM và trên 263.427 máy POS. Số lượng thẻ thanh toán đã được phát hành lũy kế đến hết quý 1 năm 2017 là 116 triệu thẻ, 71.651 tài khoản thanh toán cá nhân.

Hệ thống NH Việt Nam đã định hướng phát triển đối với thanh toán điện tử qua NH trong thời gian tới bao gồm: hoàn thiện hệ thống chuyển mạch quốc gia, xây dựng bộ tiêu chuẩn dịch vụ thẻ và thanh toán không dùng tiền mặt, phát triển từ dịch vụ thẻ từ sang thẻ chip, xây dựng hệ thống thanh toán bù trừ cho các hoạt động thanh toán bán lẻ (giá trị giao dịch thấp) bên cạnh hệ thống bù trừ ATM vốn có, phát triển và  quản lý hệ thống thiết bị thanh toán, phát triển sàn giao dịch thương mại điện tử.

Đẩy mạnh hệ thống thanh toán qua NH bán lẻ cũng được các NH chú trọng. Theo khảo sát vào cuối năm 2015 của IDG ASEAN, Việt Nam có 9 NH tập trung vào lĩnh vực đầu tư, 11 NH tập trung vào dịch vụ NH bán buôn và 19 NH tập trung vào dịch vụ NH bán lẻ. Xu hướng này được phát triển dựa trên nền tảng công nghệ hiện đại như Mobile Banking và Internet Banking, tận dụng triệt để ứng dụng công nghệ vào SPDV nhằm mở rộng đối tượng khách hàng tới khu vực nông thôn, vùng sâu vùng xa. Theo Viet Nam ICT Index (2016), hiện nay 100% các NHTM Việt Nam đã có kênh Internet Banking, 93,1% có kênh Mobile Banking. Kết hợp viễn thông – ngân hàng cũng là một trong những bước đột phá để phát triển các dịch vụ NH. Ngân hàng điện tử trên nền tảng di động là xu hướng tăng trưởng của Việt Nam, sẽ vượt qua NH điện tử trên thiết bị truyền thống trong tương lai gần.